Jednym z najważniejszych środków transportu, jaki posiada miasto Tokio jest kolej. Jest to istotne, ponieważ ze względu na natężenie ruchu ulicznego, mieszczańscy miasta korzystają z kolei. Cechą charakterystyczną miasta jest to, ze zbiegają się tu cztery linie kolejowe, zaś ich punktem końcowym jest dworzec Tokio. Pociągi te przejeżdżają przez większą część miasta, zaś głównymi punktami ich zatrzymania są dworzec Ueno, Shinagawa, oraz Shinjuku. Bardzo ważną rolę narzuciło miasto także komunikacji drogowej, ponieważ istnieje tu znaczna ilość autostrad. Ze względu na swoje położenie miasto Tokio jest punktem zbiegu ogromnych i świetnie wyposażonych autostrad międzyregionalnych takich jak na przykład:  Tōmei, Chūō Kan’etsu a także Tōhoku, oraz Jōban. Oprócz tego istnieją tu także trasy wiodące drogą mostowo – tunelową, a ich długość wynosi ponad tysiąc kilometrów.  Niezwykle ważną funkcję, jaką wyznaczyło miasto, ma tu także transport morski, którego nabrzeże ma długość ponad dwa kilometry. Obsługuje się tu ogromną ilość statków nie tylko towarowych, ale i pasażerskich.