Komunikacja wewnętrzna w mieście Tokio jest bardzo dobrze rozwinięta. Metro składające się z trzynastu linii o łącznej długości ponad trzystu kilometrów. Jest to jedno z największych na świecie systemów transportowych wewnątrz miasta, dziennie obsługuje ok ośmiu milionów pasażerów. Większość z tras Tokijskiego Metra to system podziemny, który ma długość ok 280 kilometrów, torowisko poprowadzone jako naziemna trasa oraz położone na wiaduktach ma długość tylko 32 kilometrów. Ceny biletów na metro zależne są od operatora danej linii i wahają się w granicach 150-400 jenów, oprócz zwykłych biletów, żetonów, zakupić można całodzienne karty, które obniżają koszt podróży i ułatwiają znacznie przemieszczanie się po mieście, ozywając kart nie trzeba przy każdym przejeździe tracić czasu na zakup biletu. Oprócz samego metra działają też inne prywatne linie kolei niejako współpracujące z metrem w Tokio i poprawiając strukturę transportową miasta. Siec wewnętrzna miasto to również transport publiczny na który składają się linie autobusowe, autokary, busy. Duże znaczenie mają również taksówki, w Tokio bardzo dobrze rozwinięta jest sieć druk wewnątrz miasta.